На протяжении всей своей 60-летней истории Институт являлся ведущим научным, лечебно-диагностическим и учебным центром страны в области неврологии, региональным Центром ВОЗ по нейронаукам. Обладая самой современной исследовательской и диагностической базой, не уступающей крупнейшим зарубежным центрам аналогичного профиля, Институт основное внимание уделяет созданию новейших медицинских технологий диагностики, лечения и профилактики наиболее распространенных и социально значимых заболеваний нервной системы - инсульта и его последствий, сосудистой деменции, болезни Паркинсона, рассеянного склероза, полиневропатий, критических состояний в неврологии, наследственных болезней нервной системы и др.
С конца 1990-х годов при Институте функционируют Научный центр по изучению инсульта и Научно-методический центр по рассеянному склерозу Минздрава России. Институт включен в перечень немногих клиник страны, осуществляющих
высокотехнологичные методы лечения в медицине.
В конце 2006 года произошло крупнейшее событие в истории Института - реорганизация НИИ неврологии РАМН в форме присоединения к нему НИИ мозга РАМН. В результате на базе Института создан крупный единый российский центр
клинических и фундаментальных нейронаук.
В феврале 2007 года НИИ неврологии РАМН переименован в Научный центр неврологии РАМН.
В декабре 2011 года Научный центр неврологии РАМН переименован в Федеральное государственное бюджетное учреждение «Научный центр неврологии» Российской академии медицинских наук.
В ноябре 2014 года Федеральное государственное бюджетное учреждение «Научный центр неврологии» Российской академии медицинских наук переименован в Федеральное государственное бюджетное научное учреждение «Научный центр неврологии».
Подразделения Научного центра (ранее НИИ) неврологии РАМН:
- Дирекция
- Научно-консультативное отделение с лабораторией нейроурологии
- Многопрофильный клинико-диагностический центр
- Дневной стационар
- 1 неврологическое отделение
- 2 неврологическое отделение
- 3 неврологическое отделение
- Нейрохирургическое отделение
- Отделение сосудистой и эндоваскулярной хирургии
- 5 неврологическое отделение
- 6 неврологическое отделение
- Отделение анестезиологии-реанимации с палатами реанимации и интенсивной терапии
- Отделение нейрореабилитации и физиотерапии
- Отделение лучевой диагностики
- Научно-координационный и образовательный отдел
- Отдел исследований мозга
- Лаборатория гемореологии, гемостаза и фармакокинетики (с клинической лабораторной диагностикой)
- Лаборатория клинической нейрофизиологии
- Лаборатория клинической и экспериментальной нейрохимии
- Лаборатория патологической анатомии
- Лаборатория ультразвуковых исследований
- Лаборатория эпидемиологии и профилактики заболеваний нервной системы
- Лаборатория клинических исследований
- Научно-вспомогательные подразделения и инженерно-технические службы